Quelles bactéries responsables de l’altération des conserves ? Du champ au produit fini

Le laboratoire de microbiologie du CTCPA d’Avignon travaille sur la diversité des souches responsables de l’altération des conserves. Débutée en novembre 2010 pour trois ans en partenariat avec l’Inra d’Avignon, une thèse vise à développer des méthodes de typage génétique des bactéries thermophiles hautement thermorésistantes (THT) qu’on retrouve classiquement dans les cas de conserves altérées. Mené collectivement pour la filière conserve, ce projet est soutenu par l’Association nationale de la recherche et de la technologie (ANRT) et FranceAgriMer.

Pour mieux comprendre les contaminations des lignes de fabrication des conserves, le CTCPA a initié fin 2010 une thèse sur la diversité des sporulées thermophiles hautement thermorésistantes (THT), principalement responsables des altérations des conserves. Les trois espèces de bactéries THT les plus fréquemment retrouvées dans les cas de non stabilité sont Moorella thermoacetica/thermoautotrophica, Geobacillus stearothermophilus et Thermoanaerobacterium spp.
Ces bactéries THT peuvent présenter des variations génétiques qui, si elles sont identifiables, permettraient de faire le lien entre une source de contamination et un produit non-stable. Le CTCPA répond ainsi au besoin des fabricants de conserves qui souhaitent mieux maîtriser la qualité de leurs produits. Grâce à ces progrès issus des travaux de recherche collective, le CTCPA apporte un réel soutien à la filière professionnelle. L’Inra d’Avignon (UMR SQPOV) avec lequel le Centre a monté une Unité mixte technologique (UMT Qualiveg) est également impliqué. Enfin, le projet est soutenu par  l’Association nationale de la recherche et de la technologie (ANRT) et FranceAgriMer.

Le doctorant, Loïc Durand, a commencé son projet en prélevant plus de 250 échantillons, depuis le champ jusqu’au légume conditionné avant traitement thermique. Grâce aux outils développés par le laboratoire pour l’identification moléculaire (outil Sporetraq®) et le dénombrement (Norme Afnor V08-602 et méthode interne pour les THT), il est possible de détecter et quantifier la contamination en bactéries THT à chaque étape du process. Il en ressort une mine d’informations sur l’écologie de ces germes sur une ligne de fabrication : zones d’accumulation, zones de prolifération…. La deuxième étape a consisté à développer des méthodes de typage génétique des différentes souches pour chaque espèce étudiée. Les techniques de biologie moléculaire permettent de discriminer des souches en fonction de leur carte génétique. Les méthodes utilisées permettent de détecter soit la présence d’une séquence précise dans le cas du typage M13 ou le nombre de répétitions d’une séquence de gène dans le cas de la MLVA. Après mise au point des méthodes, le doctorant va les appliquer sur la centaine de souches sauvages présentes dans la collection du CTCPA, élaborée depuis plus de dix ans au fil des analyses de cas de non-stabilité. On pourra ainsi connaître la réelle diversité des souches industrielles de bactéries hautement thermorésistantes, d’où le nom du projet : DIVERSITHER. Suivront enfin des études de typage sur les isolats prélevés en 2011 et sur des isolats qui seront prélevés lors de la campagne de production de juin 2012. La fin de la thèse sera consacrée à identifier les liens entre les différentes souches prélevées, ainsi qu’entre les souches prélevées entre les deux campagnes 2011 et 2012.

Ce projet exige une grande technicité en biologie moléculaire et plus généralement en connaissance des bactéries thermophiles hautement thermorésistantes ; il devrait permettre d’identifier les sources de contamination et donc de cibler des actions correctives à mettre en place. Avec l’acquisition de compétences en biologie moléculaire en 2008, le CTCPA a créé différents outils aujourd’hui utilisés en routine, comme SporeTraq®  pour identifier une espèce dans un prélèvement de ligne, de matière première ou de produit fini non-stables. A terme, le projet Diversither pourra lui aussi se décliner en soutien quotidien aux fabricants de conserve.

Contact : Dr. Stella Planchon, CTCPA Avignon: avignon@ctcpa.org

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Voir aussi : Notre expertise en maitrise du risque microbiologique des aliments est une clé de voute de notre expertise technique en tant que Centre technique agroalimentaire.